不是同一概念。性别认同障碍是过时的诊断术语，曾用于描述个体因性别认同与出生时指定性别不一致而产生的痛苦。跨性别则是一个更广泛的身份术语，指性别认同不同于出生时指定性别的人。并非所有跨性别者都会经历性别烦躁（即因这种不一致而产生的显著痛苦），因此跨性别本身不被视为障碍。2013年，世界卫生组织已用“性别烦躁”替代了这一诊断，以去病理化并聚焦于痛苦体验。